在有机肥生产线中，肥料是需要经过发酵才能形成的，在发酵的时候往往会产生臭味，因此有机肥生产线企业都会对发酵加工环节进行除臭，主要方式有：
1、使用生物发酵除臭菌种
　　在畜禽粪便等有机物料翻堆、发酵、腐熟过程中，生物发酵除臭菌种能全程分解和转化臭味物质。使用此类产品，一般在48小时左右可以消除恶臭。长期使用生物发酵除臭菌种，有机肥生产企业的臭味明显减轻或者消失。
　　生物发酵除臭菌种大部分为中温型微生物，少量为中高温微生物，一旦超过60℃，所有除臭微生物将失去活性，剩下的高温微生物几乎没有除臭效果，但此时，一些活性酶也对臭味物质起到作用。所以，利用生物发酵除臭菌种进行畜禽粪便的发酵，往往温度不太高。
　　2、密封发酵、加工车间和安装除臭装置
　　密封发酵、加工车间可以阻止臭气溢出。在发酵、加工车间的一侧安装多个进气扇，让外界新鲜空气进入车间内，而在发酵、加工车间的另一侧安装多个排气扇，每个排气扇连通一个排气管道，将车间排出的气体经管道通入固体或者液体生物滤池中。由于固体或者液体生物滤池中提前挤入了活性生物除臭菌种。车间内的臭气得以控制。比如，有一家生物肥料生产企业，将有机肥料厂的臭味经排气管道通入鱼、虾塘内，而鱼虾塘内加入了有益的活性除臭菌种，不但解决了臭味问题，还给鱼虾提供了营养物质，鱼虾塘不用施肥，照样水草青青，鱼虾满塘。
　　3、密封运输或者远离居民区生产